真空冷凍干燥機的冷阱是冷凍干燥過程捕獲水分的裝置，理論上講，冷阱溫度越低，冷阱的捕水能力越強，但冷阱溫度低，對制冷要求高，機器成本及運轉費用高。實驗系列冷凍干燥機的冷阱溫度主要有-56℃左右、-80℃左右等幾個檔次。
冷阱溫度為-56℃左右的凍干機適用于大部分產品的凍干，冷阱溫度為-80℃的凍干適用于一些特殊產品的凍干。冷阱溫度對捕水能力的影響實驗表明冷阱溫度從-35℃下降到-55℃，捕水能力有提升明顯，冷阱溫度低于-55℃，冷阱的捕水能力提升不明顯。因此，在沒有特殊需求的情況下，選用冷阱溫度-60℃左右是理想的選擇。
真空度體現(xiàn)凍干機的泄漏情況及真空泵的抽氣效率。凍干箱的真空度，過去的觀點認為真空度是越高越好，行業(yè)內的觀點認為真空度應在一個合理的范圍之內。真空度太高了，不利于傳熱，干燥速度反而下降，但無論如何凍干箱的空載真空度應達到15Pa以上
降溫速率體現(xiàn)制冷系統(tǒng)的制冷能力，在空載情況下，冷阱溫度應在1小時內達到指標規(guī)定的Z低溫度。例如，冷阱溫度≤-56℃的凍干機，機器從打開制冷開始計時，冷阱溫度達到-56℃的時間應不大于1小時。
真空冷凍干燥機的板層溫度的均勻性和平整度，對產品質量的均一性有很大的影響，溫度均勻性和平整度越好，則凍干產品質量的均一性也越好。凍干機擱板溫度控制有加熱器型和中間流體型，采用中間流體控制板層的凍干機擱板溫度均勻性和平整度好，這種凍干機板層為空心夾層結構，板層的制冷和加熱均通過中間流體在板層內部的流體通道循環(huán)來實現(xiàn)，因此板層溫度均勻一致。
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